Misją PECSA jest promocja badań oraz kształcenia w zakresie problematyki Unii Europejskiej, a także analiza strategicznych aspektów funkcjonowania UE i jej polityk oraz rozwój współpracy i integracji między polskimi naukowcami i badaczami, uniwersytetami i instytucjami naukowymi podejmującymi studia nad problematyką europejską, a ich odpowiednikami w innych państwach UE, członkami sieci ECSA oraz instytucjami UE.

Celem prowadzonych działań naukowo-badawczych i dydaktycznych jest przygotowywanie odpowiedzi na wyzwania stojące przed Unią Europejską, jej państwami członkowskimi oraz obywatelami. PECSA,  nie tylko prowadzi analizy i prace badawcze, ale również inspiruje tworzenie polityk Unii Europejskiej. Od początku swojego istnienia PECSA stanowi forum publicznej debaty na temat integracji europejskiej, miejsca Europy w świecie, szeroko definiowanych stosunków międzynarodowych oraz globalizacji. Jednym z jej kluczowych zadań jest promocja aktywnej, zaangażowanej i jednoznacznie proeuropejskiej orientacji Polski jako państwa członkowskiego UE.